T细胞仍可能是我们对抗最新冠状病毒"关注变种"BA.2.86的武器
站长云网一种新的SARS-CoV-2变异体Pirola(BA.2.86)正在全球范围内传播，因其突变率高而引起关注。拉荷亚免疫学研究所的研究人员正在利用免疫表位数据库预测T细胞对Pirola的反应，他们发现现有疫苗和以前接触过的变异体（如Omicron）仍能提供显著的保护作用。尽管这些结果很有希望，但它们仍然是预测性的，需要进一步的实验验证。
拉荷亚免疫学研究所科学家们利用生物信息学来预测T细胞如何适应对抗高度变异的Pirola变体。今年8月，研究人员在以色列和丹麦的病人身上检测到了一种新的SARS-CoV-2"令人担忧的变体"。从那时起，这种被称为BA.2.86或"Pirola"的变种就开始在全球传播。Pirola变体之所以引起人们的警惕，是因为它发生了高度变异。事实上，与最初接种的SARS-CoV-2变体相比，Pirola的变异程度不亚于Omicron变体。
随着Pirola的扩散，拉荷亚免疫学研究所（LJI）的研究人员正在调查COVID-19疫苗（或以前接触过的SARS-CoV-2疫苗）是否仍能保护人们免受严重疾病的侵袭。
LJI教授、生物科学博士AlessandroSette说："人们担心，变异如此之多的病毒会'逃避'T细胞免疫。"
现在，《细胞、宿主与微生物》（CellHost&Microbe）杂志上的一项新研究表明，T细胞可以看穿Pirola的突变，并锁定它们的目标。"我们的分析表明有一个积极的消息，"助理研究教授阿尔巴-格里福尼（AlbaGrifoni）博士说，"看来以前接触过奥米克隆或接种过新型二价疫苗的人可能会被T细胞武装起来，这些细胞可以'迎头赶上'，产生对抗Pirola的特异性反应。"
在这项新研究中，塞特和格里福尼利用了一个名为免疫表位数据库（IEDB）的资源。该数据库收录了世界各地免疫学家收集的宝贵研究成果，描述了免疫细胞如何识别微生物上的片段或"表位"。
借助IEDB中的大量数据，研究人员已经详细了解了COVID-19疫苗或以前接触过SARS-CoV-2的T细胞是如何"训练"T细胞靶向SARS-CoV-2表位的。研究人员提取了这些IEDB数据，并开发了一个生物信息学管道来预测这些T细胞将如何对Pirola变体做出反应。
Grifoni说："我们根据以前SARS-CoV-2变体的实验数据和预测数据模拟了T细胞对Pirola的反应。"
研究人员发现，大多数T细胞仍能靶向Pirola上的表位：
总体而言，CD4+"辅助"T细胞反应识别的片段有72%，CD8+"杀伤"T细胞表位有89%在变异株之间没有变化，或者说"保持不变"。
研究人员在Pirola的"Spike"蛋白上发现的保守T细胞表位较少，这也在意料之中，因为它携带了大部分变异。在这种主要结构蛋白上，只有56%的CD4+"辅助"T细胞表位和CD8+"杀伤"T细胞表位是保守的。这是一个潜在的问题，因为目前的COVID-19疫苗在设计上只能让免疫细胞识别并锁定Spike表位。
然而，当研究人员仔细观察斯派克片段时，他们发现96%的CD4+"辅助"T细胞表位和62%的CD8+"杀伤"T细胞表位非常相似，T细胞仍有可能识别它们。
简而言之，如果Pirola想要躲避T细胞，它做得并不好。
塞特说："免疫系统识别的许多表位在新的Pirola变体上仍然保持不变。预测这种病毒仍将被T细胞识别。"
格里福尼补充说："T细胞也可能'追随'Pirola新变异的多肽，针对这些表位发起新的反应，就像我们在其他变异体上看到的那样。我们认为，尽管病毒在进化，但在Pirola病毒感染或其他最新变种的病例中，我们并没有看到更严重的疾病，这可能就是原因之一。"
格里福尼强调，这些发现只是预测，而不是基于实际Pirola感染的观察结果。尽管如此，她仍然认为，观察以及预测如何反映在最近的实际研究中非常重要。我们仍然需要实验验证，但我们已经在全球范围内建立了几个合作机构，它们正在研究这个问题。
塞特补充说，许多人仍然很容易感染SARS-COV-2，即使是Pirola变种。这就是为什么人们仍然应该接种疫苗，尤其是最新疫苗的原因。
研究人员目前正在收集实验数据，以进一步了解T细胞对变异体的反应，并进一步加强他们的预测工具以了解接种过二价疫苗和/或"突破性"感染的人究竟是如何对未来的变异株产生T细胞反应的。
参考文献"亚利桑德罗-塞特（AlessandroSette）、约翰-西德尼（JohnSidney）和阿尔巴-格里福尼（AlbaGrifoni）于2023年12月8日发表的《细胞宿主与微生物》（CellHost&Microbe）杂志上发表的《预测已有的SARS-2特异性T细胞会交叉识别BA.2.86》。
DOI:10.1016/j.chom.2023.11.010
编译来源：ScitechDaily
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